Graduado de la Sorbona, Bernard Margueritte se unió a le Monde en 1965, y fue su corresponsal para Europa del Este en Varsovia desde 1966 hasta 1970. Expulsado de Polonia en 1971, se mudó a Viena. De 1975 a 1977 fue investigador en la Universidad de Harvard. Regresó a Varsovia en 1977 como corresponsal de periódicos y radio franceses. Estuvo nuevamente en Harvard de 1993 a 1994 como miembro visitante en el Centro de Investigación de Rusia y el Centro de Prensa y Política. Es colaborador frecuente de la televisión y los periódicos polacos.
Sus artículos han aparecido en le Monde, le Figaro y Politique Etrangere. Es coautor de libros sobre Austria y la planificación en Europa del Este y autor de un artículo de investigación La Nueva Europa Central: el difícil nacimiento de una prensa libre, publicado por la Universidad de Harvard (1995).
Bernard Margueritte se convirtió en vicepresidente del Foro Internacional de Comunicaciones en 1996 y presidente en 2001.